Os activadores químicos do NHE-6 podem melhorar a sua função através de vários mecanismos celulares. O EIPA, conhecido principalmente como um inibidor dos permutadores Na+/H+, pode aumentar indiretamente a atividade do NHE-6 inibindo outras isoformas do permutador, o que pode causar um aumento compensatório da atividade do NHE-6 para manter o equilíbrio iónico na célula. O zinco, como modulador alostérico, pode ligar-se a locais específicos do NHE-6, induzindo uma alteração conformacional que aumenta a sua atividade de transporte. Do mesmo modo, as poliaminas, como a espermina e a espermidina, podem interagir com o NHE-6 nos locais de ligação das poliaminas, conduzindo potencialmente a um aumento da sua atividade. A forskolina, ao elevar os níveis intracelulares de AMPc, ativa a proteína quinase A (PKA), que poderia fosforilar o NHE-6 se este se encontrar na gama de substratos da PKA, aumentando assim a sua atividade. O IBMX aumenta os níveis de AMPc através da inibição das fosfodiesterases, conduzindo a uma ativação semelhante da PKA e a uma potencial fosforilação do NHE-6.
O dibutiril-AMP, um análogo do AMPc, pode ativar diretamente a PKA, que, por sua vez, pode fosforilar e ativar o NHE-6. Os ésteres de forbol, como o PMA, activam a proteína quinase C (PKC), que também pode fosforilar o NHE-6 se este for um substrato da PKC. Os ionóforos de cálcio, como a ionomicina e o A23187, aumentam os níveis de cálcio intracelular, o que pode ativar as cinases dependentes da calmodulina. Estas cinases podem ter como alvo o NHE-6, levando à sua ativação por fosforilação. A calicilina A e o ácido ocadaico, como inibidores das proteínas fosfatases, impedem a desfosforilação das proteínas. Se o NHE-6 for regulado por fosforilação, a inibição destas fosfatases resultaria numa ativação sustentada do NHE-6 devido ao aumento dos níveis de fosforilação. Cada uma destas substâncias químicas pode influenciar a atividade do NHE-6 modulando as vias bioquímicas da célula, assegurando que o NHE-6 está funcionalmente ativo.
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