Os activadores químicos da MTERFD3 podem envolver várias vias de sinalização celular para aumentar a atividade funcional desta proteína. A forskolina, ao ativar a adenilato ciclase, aumenta os níveis intracelulares de AMPc, levando à ativação da proteína quinase A (PKA). A PKA, por sua vez, pode fosforilar o MTERFD3, aumentando assim a sua atividade. Do mesmo modo, o 8-Bromo-cAMP, um análogo do AMPc, ativa diretamente a PKA, conduzindo novamente a uma potencial fosforilação e ativação da MTERFD3. Estas vias sublinham o papel da fosforilação como um mecanismo regulador fundamental da atividade do MTERFD3. A ionomicina e o A23187 actuam como ionóforos de cálcio, que aumentam as concentrações de cálcio intracelular. Os níveis elevados de cálcio activam as proteínas cinases dependentes do cálcio que podem fosforilar a MTERFD3, promovendo assim a sua ativação. A tapsigargina também eleva o cálcio intracelular através da inibição da Ca2+-ATPase do retículo sarco/endoplasmático (SERCA), levando a uma cascata de ativação semelhante para a MTERFD3 através da ativação da quinase mediada pelo cálcio.
A utilização de ésteres de forbol, como o 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA) e o TPA, ativa diretamente a proteína quinase C (PKC), que pode fosforilar e ativar o MTERFD3. A queleritrina, embora iniba a PKC, pode resultar na ativação compensatória de cinases alternativas que contribuem para a fosforilação e ativação da MTERFD3. A anisomicina ativa as proteínas cinases activadas pelo stress, que também podem contribuir para a fosforilação e ativação do MTERFD3. Compostos como a Calicilina A e o Ácido Okadaico impedem a desfosforilação das proteínas através da inibição de fosfatases específicas, mantendo assim o MTERFD3 num estado fosforilado e ativo. Além disso, o isoproterenol, como agonista beta-adrenérgico, aumenta o AMPc, activando a PKA, que também pode fosforilar a MTERFD3. Coletivamente, estes químicos empregam várias estratégias para assegurar o estado de fosforilação do MTERFD3, que é crítico para a sua ativação. Cada via converge para a fosforilação da MTERFD3, estabelecendo-a como um ponto de controlo fundamental para a ativação desta proteína.
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