MSL3L2 的化学抑制剂提供了一系列阻碍该蛋白质活性的机制,主要是通过改变 MSL3L2 与之相互作用或修饰的组蛋白修饰。Trichostatin A 和 M344 是组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂,能提高组蛋白乙酰化水平。乙酰化水平升高会阻碍 MSL3L2 与染色质的有效相互作用,因为 MSL3L2 可能依赖于某种乙酰化模式来结合或修饰组蛋白。辛弗林以 S-腺苷蛋氨酸依赖性甲基转移酶为靶标,该酶对组蛋白甲基化非常重要,而 MSL3L2 很可能参与了这一过程。通过抑制甲基化,新菌素中断了 MSL3L2 依赖甲基化的功能。Chaetocin能特异性抑制组蛋白甲基转移酶SUV39H1,从而可能改变对MSL3L2与染色质相互作用至关重要的甲基化景观。
BIX-01294 和 A-366 等其他抑制剂选择性地针对组蛋白甲基转移酶 G9a,这表明阻止特定组蛋白位点的甲基化可能会阻碍 MSL3L2 的染色质重塑活动。同样,UNC1999、GSK343 和 EPZ-6438 也能抑制 EZH2,其中 UNC1999 还能靶向 EZH1,这些酶负责甲基化 MSL3L2 可能与之相互作用的组蛋白位点。抑制这些酶可以改变染色质状态,从而改变 MSL3L2 的功能能力。I-CBP112 和 JQ1 通过分别抑制 CREBBP/EP300 溴基域和 BET 溴基域,破坏了对乙酰化赖氨酸残基的识别。这种抑制作用会阻碍 MSL3L2 读取组蛋白上乙酰化标记的能力,而乙酰化标记对于 MSL3L2 在染色质重塑中的作用至关重要。最后,CPI-455 作为 KDM5 去甲基化酶的抑制剂,会维持组蛋白的高甲基化状态,从而干扰 MSL3L2 可能促进的去甲基化活动,从而阻碍其正常功能的发挥。
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