MSAPの化学的阻害剤は、様々なシグナル伝達経路や細胞プロセスに干渉し、タンパク質の機能を阻害することができる。例えばシクロスポリンAは、MSAP関連経路に関与する遺伝子を制御する転写因子である活性化T細胞核因子(NFAT)の脱リン酸化に不可欠なカルシニューリンの活性を抑制する。この抑制は、MSAPが関与するシグナル伝達経路をダウンレギュレートし、MSAPの機能阻害につながる。ラパマイシンは、細胞の成長と増殖の中心的な調節因子であるmTOR経路を標的とし、mTORを阻害することにより、MSAPを含むタンパク質の合成を間接的に低下させ、MSAPの機能的能力の低下につながる。
同様に、WZB117はGLUT1を阻害し、それによってMSAPのエネルギー依存的機能に必要なグルコースの取り込みを制限し、Brefeldin Aはゴルジ装置を破壊し、MSAPのようなタンパク質のプロセシングと輸送を停止させる。トリアクシンCは、脂質の生合成に重要なアシル-CoA合成酵素を標的とし、細胞膜内でのMSAPの適切な局在と機能を阻害する可能性がある。PD98059によるMEKの阻害は、MSAPが役割を果たすと思われるものを含む様々な細胞プロセスに関与しているERK経路シグナルの減少につながる可能性がある。LY294002のPI3Kに対する作用は、AKTシグナル伝達を混乱させ、MSAP活性に不可欠な下流のプロセスを妨害する可能性がある。GW4869はスフィンゴミエリナーゼを阻害することで、膜組成を変化させ、MSAPが作用するシグナル伝達経路を変化させることができる。ML7はミオシン軽鎖キナーゼを阻害する。ミオシン軽鎖キナーゼは細胞骨格動態と膜相互作用に重要であり、MSAPの機能的完全性に重要なプロセスである。U73122のホスホリパーゼCに対する阻害作用は、MSAPの役割に重要なシグナル伝達カスケードを混乱させる可能性があり、Go6983によるプロテインキナーゼCの阻害は、MSAPの機能に必要な経路を損なう可能性がある。最後に、SB203580はp38 MAPキナーゼを標的とし、細胞ストレス応答やMSAPが関与する他の経路を障害し、その機能阻害につながる可能性がある。これらの化学物質はそれぞれ、MSAPの活性にとって重要な細胞機能の特定の側面に作用し、それによって細胞内でのMSAPの役割を阻害する。
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