MRP-L49阻害剤には、ミトコンドリアの生合成、タンパク質合成、およびミトコンドリア全体の健康を標的とすることにより、間接的にタンパク質の機能的能力を阻害する様々な化合物が含まれる。ロテノンやアンチマイシンAのような化合物は、ATP合成の原動力であるミトコンドリア膜電位を維持するために重要な、様々な複合体におけるミトコンドリア電子輸送鎖を破壊することによって阻害作用を発揮する。ATP生成の減少は、MRP-L49が重要な役割を果たしているミトコンドリアのタンパク質合成に下流から影響を及ぼす可能性がある。その結果、ミトコンドリアのリボソームの集合が損なわれ、ミトコンドリア機能に不可欠なタンパク質の合成が低下する可能性がある。
クロラムフェニコール、リネゾリド、テトラサイクリン、エリスロマイシンなどの他の薬剤は、ミトコンドリアのリボソームを直接標的とし、ミトコンドリアのリボソームが進化的に関連している細菌のリボソームに対する主要な作用を利用している。ミトコンドリアのリボソームに結合することで、これらの抗生物質はミトコンドリア内でのタンパク質翻訳におけるMRP-L49の役割を阻害し、このオルガネラのタンパク質合成装置の機能不全を引き起こす可能性がある。同様に、オリゴマイシンによるATP合成酵素の阻害とアクチノニンによるペプチドデホルミラーゼの阻害は、エネルギーに依存するミトコンドリアタンパク質の成熟過程に影響を与え、間接的にMRP-L49の機能に影響を与える。さらに、ベネトクラックスやラパマイシンなど、細胞全体の健康や増殖に影響を与える化合物は、それぞれミトコンドリアの需要と生合成の減少に寄与し、MRP-L49の機能的必要性の減少につながる可能性がある。
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