MDP-1阻害剤には、様々な細胞内経路と相互作用し、結果としてMDP-1の活性を間接的に阻害する化合物が含まれる。アデニルシクラーゼを標的にしてcAMPレベルを上昇させる化合物は、タンパク質のリン酸化状態を促進する環境を作り、MDP-1の脱リン酸化機能を打ち消す。同様に、タンパク質リン酸化酵素を阻害することによって、ある種の毒素は特定の基質のリン酸化状態を維持し、MDP-1の作用の標的としての利用可能性を効果的に減少させる。特に、これらの毒素によってリン酸化されたタンパク質が安定化されると、MDP-1の脱リン酸化活性の影響が少なくなる。さらに、MDP-1の基質となりうるタンパク質の翻訳後修飾であるプレニル化を阻害する物質によって、細胞内のMDP-1活性のランドスケープが変化する。
他の阻害剤は、脱リン酸化に関連するものも含め、多くの細胞内プロセスを制御する極めて重要なセカンドメッセンジャーシステムであるカルシウムシグナルを調節することによって作用する。カルシウム結合メッセンジャータンパク質であるカルモジュリンのアンタゴニストは、カルシウム依存性の脱リン酸化経路に影響を与えることにより、間接的にMDP-1活性を低下させる可能性がある。さらに、カルシウムチャンネルブロッカーは細胞内カルシウムレベルを変化させることにより、MDP-1の間接的な阻害に寄与しており、これは特定のタンパク質のリン酸化状態の持続につながり、MDP-1のホスファターゼ活性を回避している可能性がある。
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