A MBD3L2 pode influenciar a expressão desta proteína através de vários mecanismos que envolvem alterações na estrutura da cromatina e nos padrões de metilação do ADN. Compostos como a 5-Azacitidina e o RG108 podem inibir a DNA metiltransferase, levando à redução dos níveis de metilação no genoma. Esta desmetilação pode resultar no aumento da expressão de MBD3L2 se as regiões reguladoras da proteína no ADN tiverem sido previamente metiladas, o que, de outro modo, suprimiria a transcrição. Da mesma forma, a decitabina funciona como um análogo da citidina que se integra no ADN e inibe a ADN metiltransferase, o que também pode resultar na regulação positiva da expressão de MBD3L2. A zebularina actua de forma comparável, visando a DNA metiltransferase para reduzir a metilação no locus MBD3L2. Por outro lado, a S-adenosilmetionina serve como dador de metilo em vários processos biológicos, incluindo a metilação das histonas. Esta metilação pode ativar a expressão genética, aumentando potencialmente a produção de MBD3L2 se a metilação de histonas perto da sua região promotora atuar como um sinal de ativação.
As alterações da metilação do ADN, o estado de acetilação das histonas que rodeiam o gene MBD3L2 desempenham um papel crucial na sua expressão. Os inibidores da HDAC, como a tricostatina A, o butirato de sódio, o SAHA (vorinostato) e o dissulfiram, podem aumentar a acetilação das histonas, conduzindo a um estado de cromatina mais aberto e mais ativo do ponto de vista da transcrição. Esta estrutura relaxada da cromatina pode facilitar a ligação da maquinaria de transcrição à região promotora do MBD3L2, promovendo a sua expressão. O resveratrol interage com as sirtuínas para modular os processos de desacetilação, que podem afetar a transcrição do MBD3L2. O mecanismo da partenolida envolve a inibição do NF-κB, um fator conhecido por reprimir a expressão genética. Ao inibir o NF-κB, o Parthenolide pode levantar os efeitos repressivos sobre o MBD3L2, permitindo a sua ativação. Por último, o papel da Genisteína como inibidor da tirosina quinase pode impedir a fosforilação das proteínas que intervêm na repressão do MBD3L2, permitindo assim a sua ativação.
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