MAP LC3β活性化剤は、LC3βを直接活性化するのではなく、オートファジーのような細胞プロセスを操作し、それによって間接的にLC3βの脂質化と機能性に影響を与える。これらの化学物質は、主にその標的経路に基づいて分類することができる。ラパマイシンとトーリン1はmTOR阻害剤で、オートファジーを停止させ、LC3βの脂質化を増加させる。そのメカニズムには、細胞増殖とオートファジーの中心的調節因子であるmTORの不活性化が関与しており、LC3βが主要な構成要素であるオートファゴソームの形成を導く。一方、クロロキンやヒドロキシクロロキンは、オートファゴソームとリソソームの融合を阻害し、脂質化LC3βの蓄積を引き起こす。
3-メチルアデニンやトレハロースのような別の化学物質群は、オートファジーの開始段階と相互作用する。例えば、3-メチルアデニンは通常オートファジーを阻害するが、特定の細胞条件下ではLC3βの脂質化を促進する。一方、トレハロースはmTORに依存しない経路でオートファジーを刺激する。また、JNK阻害剤のSP600125やカルシウム拮抗剤のベラパミルのように、特定の条件下でLC3βの脂肪化を誘導できるマルチターゲット化合物もある。最後に、メトホルミンは、mTORとは別の経路であるAMPK活性化を介して作用し、オートファジーを開始させ、LC3βを脂質化する。これらの化学物質を組み合わせることで、脂質化LC3βの細胞レベルに影響を与える様々なメカニズム的アプローチが可能となり、オートファジーに不可欠なこのタンパク質を制御する複雑な制御ネットワークが浮き彫りになった。
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