マンマグロビンAの化学的阻害剤は、遺伝子発現の状況を変化させ、タンパク質の機能的存在を低下させる様々なメカニズムで機能する。トリコスタチンA、ボリノスタット、エンチノスタットはすべてヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であり、ヒストンのアセチル化を増加させ、その結果クロマチンの状態が変化する。このクロマチン構造の変化により、転写装置がマンマグロビンAをコードするDNAセグメントへのアクセスが制限され、その結果、タンパク質が機能的に阻害される。同様に、環状ペプチドであるRomidepsinとヒドロキサメート型化合物であるBelinostatはともにヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、その結果、マンマグロビンAの合成または調節を司る遺伝子を含む遺伝子発現パターンが変化する。
さらに、パノビノスタット、チダミド、バルプロ酸は、ヒストン脱アセチル化酵素を阻害することにより、マンマグロビンAの産生や活性制御に直接関与すると思われる遺伝子を含む多数の遺伝子の発現に広範な変化をもたらす。モセチノスタット、タセジナリン、プラチノスタットはこのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤のリストをさらに拡大し、それぞれが遺伝子発現プロファイルの改変に寄与している。これらの遺伝子発現の変化は、マンマグロビンAの合成と機能に関連する遺伝子を含むほど重要であり、それによってマンマグロビンAの活性を低下させる。
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