Wortmannin e LY294002, ad esempio, esercitano i loro effetti colpendo la via PI3K, una via di segnalazione critica che regola la crescita e il metabolismo cellulare. La loro inibizione di PI3K può portare a effetti a valle, tra cui potenzialmente la modulazione dell'attività di LOC729688. Analogamente, la rapamicina agisce sulla via mTOR, un regolatore fondamentale della crescita e della proliferazione cellulare, che può influenzare anche la funzione di LOC729688 se è collegata a questa via. Nel contesto della via MAPK, sia SB203580 che PD98059 sono inibitori selettivi di diverse chinasi all'interno di questa cascata di segnalazione. SB203580 ha come bersaglio la p38 MAP chinasi, mentre PD98059 inibisce MEK1, entrambi potenzialmente in grado di alterare gli eventi di segnalazione che potrebbero determinare l'attività di LOC729688. Anche il composto SP600125, che inibisce JNK, e l'inibitore di MEK1/2 U0126 funzionano nell'ambito della via MAPK e sono in grado di modulare l'attività della proteina, a condizione che LOC729688 sia un bersaglio a valle di queste vie.
Per quanto riguarda l'inibizione delle chinasi, PP2 ha come bersaglio specifico le chinasi della famiglia Src, che sono parte integrante di una moltitudine di processi cellulari. L'inibizione delle chinasi Src da parte di PP2 può quindi influenzare l'attività di LOC729688. D'altra parte, PD0325901, un altro inibitore di MEK con una maggiore biodisponibilità rispetto a PD98059, e Ku-55933, un inibitore della chinasi ATM, agiscono rispettivamente sul ciclo cellulare e sulla risposta al danno al DNA. Questi inibitori potrebbero avere un impatto sulla funzione di LOC729688 se è coinvolto in queste risposte cellulari. Infine, l'inibitore del proteasoma MG132 e l'inibitore della chinasi Aurora ZM447439 svolgono ruoli rispettivamente nella degradazione delle proteine e nella progressione mitotica.
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