サイクリックAMPは、プロテインキナーゼAを活性化することで、リン酸化のカスケードを開始し、タンパク質の活性を変化させる二次メッセンジャーとして注目されている。塩化カルシウムは、細胞内カルシウム濃度を変化させ、カルシウム依存性キナーゼの活性化を引き起こし、タンパク質の機能を調節する。オルトバナジン酸ナトリウムの添加は、ホスファターゼ阻害剤として作用することにより、ユニークなメカニズムを提供する。タンパク質の脱リン酸化を阻害することで、活性化またはアップレギュレートされた状態を維持する。これを補完するのが、cAMPアナログであるジブチリルcAMPで、細胞膜を透過してPKAを直接刺激し、タンパク質のリン酸化動態に影響を与える。硫酸亜鉛と塩化マグネシウムは、広範な酵素が適切に機能するために不可欠な重要な補酵素として機能し、タンパク質の活性と細胞内シグナル伝達に間接的に影響を及ぼす。
塩化カリウムの役割は、イオンバランスを変化させ、イオン感受性タンパク質のコンフォメーションと活性に重大な影響を与えるという点で際立っている。フッ化ナトリウムは、オルトバナジン酸ナトリウムと同様に、リン酸化酵素を阻害する。オカダ酸は、より標的を絞ったアプローチで、ホスファターゼ1および2Aを特異的に阻害するが、その結果、多数のタンパク質のリン酸化と活性化が促進される。ゲニステインとスタウロスポリンは、主にキナーゼ阻害剤として認識されているが、時に代償的な細胞フィードバック機構を通してタンパク質の間接的活性化につながる複雑な役割を持つ。NAD+は細胞代謝において多彩な役割を果たし、また、タンパク質の機能制御に関与するサーチュインの基質としても機能する。
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