スタウロスポリンは、多数のキナーゼの活性を抑制する能力を有する広範なキナーゼ阻害剤であり、その結果、多数のシグナル伝達経路に影響を与え、タンパク質の活性を変化させる可能性がある。同様に、5-アザシチジンはDNAメチル化酵素への作用により遺伝子発現を変化させ、タンパク質の合成や機能に変化をもたらす可能性がある。U0126とPD98059は、MEK1/2の特異的阻害剤であり、その作用により、タンパク質の機能を含む様々な細胞プロセスを制御することが知られている経路であるMAPK/ERKシグナル伝達カスケードを破壊することができる。
SP600125が標的とするJNK経路とSB203580が標的とするp38 MAPK経路は、ストレスシグナルに応答するために重要であり、これらの経路を調節することで、これらの応答に関与するタンパク質に影響を与えることができる。LY294002は、細胞の生存と代謝を制御する主要な経路であるPI3K/AKTシグナルを阻害することができ、したがってPI3K/AKTの下流のタンパク質に影響を与える可能性がある。MG132やボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤は、タンパク質の分解を阻害し、様々な細胞内タンパク質のレベルや活性に変化をもたらす。タプシガルギンは、SERCAを阻害することにより、フォールディングやシグナル伝達を含むタンパク質機能の多くの側面にとって重要であるカルシウムのホメオスタシスに影響を与える可能性がある。2-デオキシ-D-グルコースは解糖を阻害するため、エネルギー代謝に影響を与え、この経路に関与するタンパク質に影響を与える可能性がある。最後に、Z-VAD-FMKはカスパーゼを阻害することによってアポトーシスを防ぐことができ、その結果、アポトーシスシグナルによって制御されるタンパク質の活性に影響を与える可能性がある。
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