LOC100041373阻害剤は、スタウロスポリンやLY294002のようなキナーゼ阻害剤で、多くのタンパク質の活性化に重要なリン酸化を阻害することができる。同様に、5-アザシチジンやトリコスタチンAのようなエピジェネティックモジュレーターは、遺伝子の発現パターンを変化させ、タンパク質のレベルや機能を調節する可能性がある。パルボシクリブのような細胞周期阻害剤は細胞増殖を停止させることができ、細胞周期の調節に関与するタンパク質に間接的に影響を与える可能性がある。MEK阻害剤であるU0126とPD98059は、細胞の増殖と分化に重要な役割を果たすMAPK/ERK経路を阻害する可能性がある。
ラパマイシンやボルテゾミブなどの化合物は、それぞれmTORシグナル伝達とタンパク質分解を阻害し、これらのプロセスによって制御されるタンパク質に影響を与える可能性がある。シクロパミンとサリドマイドは、ヘッジホッグ経路とタンパク質分解系を標的とする一方で、これらの経路内のタンパク質の活性を調節することができる。2-DGは、解糖を阻害することにより、代謝ストレス状態を作り出し、代謝に関与するタンパク質に影響を与える可能性がある。
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