Klk26の化学的阻害剤は、様々なメカニズムでタンパク質に作用し、その酵素機能を阻害する。アプロチニンはKlk26と化学量論的に緊密な複合体を形成し、ペプチド基質を切断する能力を効果的に阻害する。ベンズアミジンはKlk26の活性部位で天然の基質と競合し、タンパク質分解活性を阻害する。AEBSFはKlk26の触媒トリアッド内のセリン残基を共有結合で修飾し、その酵素活性を不可逆的に阻害する。同様に、ロイペプチンはKlk26を含むセリンプロテアーゼと相互作用し、酵素に可逆的に結合してタンパク質分解を阻害する。ガベキサートはペプチド結合の加水分解の遷移状態を模倣し、Klk26の活性部位に結合して基質の切断を阻止する。
カモスタットとナファモスタットは、活性部位を占有することでKlk26のタンパク質分解機能を阻害し、基質との相互作用とそれに続くペプチド結合の切断を妨げるという作用様式を共有している。キモスタチンも活性部位に結合してKlk26を阻害し、基質の加水分解を妨げる。SBTI(大豆トリプシン阻害剤)はKlk26を標的とし、その活性部位に結合することで基質へのアクセスを阻害する。E-64は典型的なシステインプロテアーゼ阻害剤であるが、活性部位との相互作用によってKlk26を阻害することができ、クロスクラス阻害を示す。アスパラギン酸プロテアーゼ阻害で知られるペプスタチンAは、基質特異性の類似性からKlk26の活性部位と相互作用し、阻害につながる。最後に、主にメタロプロテアーゼ阻害剤であるホスホラミドンは、Klk26の構造コンフォメーションや基質結合に関与する金属イオンと結合することによってKlk26と相互作用し、結果としてタンパク質の機能を阻害することができる。各薬剤は、Klk26の触媒能力を阻害するために、異なるアプローチを利用し、タンパク質の酵素活性が効果的に抑制されるようにする。
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