Os inibidores do KLF3 englobam moléculas que interagem com as vias de sinalização ou com os processos celulares de que o KLF3 faz parte. Estes inibidores não se ligam diretamente ao KLF3; em vez disso, modulam a atividade das proteínas que estão a montante ou a jusante nas cascatas de sinalização ou afectam a maquinaria transcricional ou o contexto epigenético que controla a expressão e a função do KLF3. Por exemplo, os inibidores do bromodomínio, como o JQ1 e o I-BET151, perturbam a função das proteínas BET, incluindo a BRD4, que, por sua vez, podem reduzir a atividade transcricional do KLF3. Os inibidores do proteassoma, como o MG132, podem levar à acumulação de KLF3, impedindo a sua degradação. Os inibidores da quinase, como o CHIR99021, o LY294002, o PD98059, o SP600125 e o SB203580, interferem com cascatas de sinalização como a GSK-3β, a PI3K, a MAPK/ERK, a JNK e a p38 MAPK, respetivamente. Estas vias estão interligadas com a rede reguladora do KLF3, influenciando assim indiretamente a sua atividade.
Outros compostos, como a 5-azacitidina, modificam a paisagem epigenética, alterando potencialmente os padrões de expressão do KLF3 e dos seus genes alvo. O Y-27632 e o AICAR influenciam o ambiente celular e o metabolismo em que o KLF3 opera, afectando o seu papel na regulação dos genes. Ao influenciar estas várias facetas da função celular, estes produtos químicos exercem um efeito regulador indireto sobre o KLF3. Constituem um grupo heterogéneo caracterizado não por um motivo estrutural comum ou por uma afinidade de ligação direta ao KLF3, mas pela sua capacidade de modular os mecanismos e as vias celulares de que o KLF3 faz parte ou de que depende para a sua atividade.
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