La staurosporine se distingue comme un puissant modulateur de kinases, avec la capacité d'influencer largement la signalisation liée aux protéines kinases, qui à son tour pourrait moduler l'activité de nombreuses protéines, y compris potentiellement KIAA1841_0610010F05Rik. De même, des composés comme le LY294002 et la Wortmannine sont bien caractérisés pour leur inhibition des phosphatidylinositol 3-kinases (PI3K), enzymes pivots de la voie de signalisation AKT, un conduit central pour la régulation de la survie et du métabolisme cellulaires. Le gallate d'épigallocatéchine, remarquable par sa structure polyphénolique, exerce ses effets par le biais de multiples voies, ce qui lui permet de modifier la dynamique fonctionnelle d'une série de protéines. Les inhibiteurs de la désacétylase des histones, tels que le butyrate de sodium et la trichostatine A, sont des agents qui remodèlent l'architecture de la chromatine, provoquant des changements dans l'expression de nombreux gènes, ce qui pourrait affecter les protéines au niveau transcriptionnel. L'influence de la modification des histones sur l'expression des gènes est reflétée par celle de la 5-Azacytidine, un analogue nucléosidique qui inhibe les méthyltransférases de l'ADN, modulant ainsi vraisemblablement les profils d'expression des gènes et l'activité des protéines.
L'U0126 et le PD98059, qui ciblent tous deux la MEK dans la voie MAPK, ont le potentiel de modifier les réponses cellulaires à une variété de stimuli, en affectant la fonction des protéines dans ce cadre de signalisation. De même, SB203580 et SP600125, par leur inhibition ciblée de p38 MAPK et JNK respectivement, peuvent moduler les réponses cellulaires au stress et l'apoptose, processus qui sont souvent étroitement liés à une myriade d'activités protéiques. Enfin, la rapamycine, un inhibiteur de la voie mTOR, est emblématique des composés qui peuvent influencer la croissance cellulaire et l'autophagie, des processus fondamentaux pour la survie et la fonction des cellules, et donc susceptibles d'avoir un impact sur l'état fonctionnel des protéines apparentées.
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