GTF2IRD2の化学的阻害剤は、様々な分子間相互作用や細胞内プロセスを通じて、タンパク質の機能を阻害することができる。レプトマイシンBは、エキスポーティン1(CRM1)と結合することにより、核外への輸送を阻害し、その結果、GTF2IRD2が核内に蓄積され、細胞質での機能、そしておそらく核外での遺伝子調節過程への参加が妨げられる可能性がある。プロテアソーム阻害剤であるMG-132とボルテゾミブは、いずれもユビキチン化タンパク質のレベルを上昇させる可能性があり、その結果、GTF2IRD2の活性を制御するタンパク質の分解経路が破壊され、タンパク質の回転または安定性が変化することにより、間接的に機能阻害につながる可能性がある。このように、プロテオスタシスの変化は、GTF2IRD2の活性や制御機構に影響を与える可能性がある。
さらに、イベルメクチンは核内受容体FXRに対するアゴニスト作用により、GTF2IRD2と相互作用する転写因子や共制御因子を調節し、その機能の阻害につながる。トリプトリドによるNF-κBの転写活性阻害は、GTF2IRD2が作用する転写環境を変化させ、機能阻害につながる可能性がある。ラパマイシンは、mTORを阻害することにより、グローバルレベルでのタンパク質合成に影響を及ぼし、GTF2IRD2を制御するタンパク質の合成に下流で影響を及ぼし、間接的にその機能を阻害する可能性がある。ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるトリコスタチンAとDNAメチル化酵素阻害剤である5-アザシチジンは、それぞれクロマチン構造とDNAメチル化状態を変化させ、GTF2IRD2が関与する転写プログラムと制御ネットワークに影響を与える。アリサチブによるオーロラキナーゼAの阻害は、細胞周期の進行に影響を及ぼし、細胞周期に依存するGTF2IRD2の共制御因子の利用可能性を変化させる可能性がある。オラパリブによるPARP阻害はDNA修復経路を変化させ、GTF2IRD2とクロマチンまたはDNAとの相互作用を変化させる可能性がある。PD 0332991によるCDK4/6の阻害は、GTF2IRD2を制御するタンパク質のリン酸化状態を変化させる可能性があり、コビメチニブによるMEKの阻害は、ERK経路のシグナル伝達に変化をもたらし、それによって転写制御におけるGTF2IRD2の役割に間接的に影響を及ぼす可能性がある。
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