Zu den GDE3-Inhibitoren gehören Chemikalien, die zwar nicht direkt auf GDE3 abzielen, aber den breiteren Bereich des Lipidstoffwechsels modulieren, in dem GDE3 tätig ist. Diese Chemikalien wirken auf verschiedene Knotenpunkte der Lipidverarbeitung und -signalisierung und bieten eine potenzielle indirekte Kontrolle über die GDE3-Aktivität. Orlistat beispielsweise hemmt Lipasen, Enzyme, die für den Abbau von Fetten in der Nahrung entscheidend sind, und stellt damit eine Verbindung zum metabolischen Umfeld von GDE3 her. In ähnlicher Weise bieten Fenofibrat und Rosiglitazon durch ihren Agonismus von PPAR-Rezeptoren eine breitere Modulation von Fettstoffwechselwegen, die indirekt mit dem Wirkungsbereich von GDE3 in Verbindung stehen können.
Darüber hinaus werfen die Statine - Atorvastatin, Simvastatin und Lovastatin - ein Licht auf eine weitere Facette des Lipidstoffwechsels: die Cholesterinsynthese. Durch die Hemmung der HMG-CoA-Reduktase unterbrechen sie den Mevalonat-Stoffwechselweg und beeinflussen so indirekt mehrere Lipid-modifizierende Enzyme, darunter möglicherweise GDE3. In ähnlicher Weise behindern Inhibitoren wie GGTI-298 und FTI-277 spezifische Lipidmodifikationen in Proteinen, was zu einem Dominoeffekt bei allen Lipidstoffwechselprozessen führen könnte, an denen GDE3 beteiligt ist.
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