Os inibidores da FLJ41047 englobam um conjunto diversificado de compostos químicos que actuam em diferentes vias de sinalização celular e processos biológicos, levando, em última análise, à inibição da atividade da FLJ41047. A esturosporina, ao inibir a proteína quinase C, pode impedir a fosforilação e subsequente ativação da FLJ41047, assumindo que esta proteína é fosforilada pela PKC para a sua função. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da PI3K, suprimem a via PI3K/AKT, o que pode resultar numa diminuição da atividade da FLJ41047 se esta for um substrato da AKT. Do mesmo modo, o inibidor da mTOR Rapamicina pode impedir a sinalização mTORC1, inibindo potencialmente o FLJ41047 se a sua expressão ou atividade for dependente da mTOR.
Além disso, os inibidores da via de sinalização MAPK, SB203580 e PD98059, bem como o inibidor de JNK SP600125, podem diminuir a atividade do FLJ41047, interrompendo a sinalização cinase ascendente necessária para a sua ativação. O U0126, outro inibidor da MEK, pode inibir o FLJ41047 pelo mesmo mecanismo, se este depender da fosforilação mediada pela ERK. A inibição da síntese de pirimidina pela leflunomida poderia reduzir os níveis de FLJ41047 se este necessitar de sequências ricas em pirimidina para a sua estabilidade ou função. A perturbação do tráfico proteico pela brefeldina A pode impedir o processamento correto do FLJ41047 se este for necessário para a sua funcionalidade. A ciclosporina A, através da inibição da calcineurina, pode reduzir a atividade da FLJ41047 se a proteína for regulada por desfosforilação. Por último, a 2-Deoxi-D-glicose pode inibir indiretamente a FLJ41047 ao reduzir os níveis de ATP celular necessários para a sua atividade.
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