Os inibidores da FAM46D funcionam através de vários mecanismos bioquímicos para diminuir a atividade funcional desta proteína. Os inibidores da quinase, por exemplo, têm como alvo um amplo espetro de cinases que fosforilam numerosos substratos, incluindo a FAM46D, inibindo assim a sua atividade quando estes eventos de fosforilação são bloqueados. Do mesmo modo, os inibidores que têm como alvo a proteína de choque térmico 90 (Hsp90) desestabilizam as proteínas clientes, que podem incluir a FAM46D, reduzindo assim a sua estabilidade e função. Os inibidores do proteassoma funcionam impedindo a degradação das proteínas ubiquitinadas, o que leva a uma acumulação de proteínas reguladoras que podem suprimir indiretamente a FAM46D.
Uma inibição indireta adicional da FAM46D é conseguida através da modulação de vias de sinalização chave das quais depende. A via de sinalização PI3K/AKT, essencial para vários processos celulares, pode ser perturbada por inibidores específicos, conduzindo a um efeito subsequente que reduz a atividade da FAM46D. Os inibidores da MEK que atenuam a via MAPK também têm o potencial de modular o ambiente celular, resultando numa redução da atividade do FAM46D. Além disso, os inibidores da HDAC afectam o estado de acetilação da cromatina e alteram os padrões de expressão genética, afectando potencialmente a paisagem transcricional do FAM46D. Os inibidores que perturbam a sinalização celular do cálcio, como os que visam a bomba SERCA, podem também afetar indiretamente a função do FAM46D se este estiver envolvido em processos dependentes do cálcio.
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