Chemische Inhibitoren von EMR3 können dessen Funktion über verschiedene biochemische Wege modulieren, die jeweils auf unterschiedliche Aspekte der Signalmechanismen des Proteins abzielen. WZ4003, ein selektiver NUAK-Kinaseinhibitor, kann die kinaseabhängigen zellulären Adhäsions- und Migrationsprozesse unterbrechen, die für die Rolle von EMR3 auf der Zelloberfläche entscheidend sind. In ähnlicher Weise kann der Src-Kinase-Inhibitor PP2 die EMR3-Signalübertragung dämpfen, indem er die für die nachgeschaltete Signaltransduktion erforderliche Kinaseaktivität blockiert. Pertussis-Toxin, das für seine Hemmung von G(i)-Proteinen bekannt ist, kann die Kopplung von EMR3 an seine G-Protein-vermittelte Signalkaskade verhindern und so die zellulären Reaktionen, die typischerweise durch die EMR3-Aktivierung ausgelöst werden, wirksam zum Schweigen bringen.
Im weiteren Verlauf der Kaskade intrazellulärer Ereignisse, die von EMR3 beeinflusst werden, kann LY294002, das Phosphoinositid-3-Kinasen (PI3K) hemmt, die PI3K-Signalübertragung behindern, die für verschiedene mit EMR3 zusammenhängende zelluläre Prozesse entscheidend ist. Die Rolle von U73122 als Phospholipase-C-Inhibitor bedeutet, dass es die Bildung von Diacylglycerin und Inositoltrisphosphat stören kann, die beide als zweite Botenstoffe in den EMR3-Signalwegen dienen. Go 6983 und Chelerythrin können als Inhibitoren der Proteinkinase C (PKC) die Phosphorylierungsvorgänge verhindern, die für die regulatorischen Funktionen von EMR3 entscheidend sind. Y-27632 hemmt ROCK und beeinträchtigt dadurch die Dynamik des Aktinzytoskeletts, was wiederum das Trafficking und die Membranexpression von EMR3 beeinträchtigt. Die Hemmung der Myosin-Leichtkettenkinase durch ML7 wirkt sich auch auf die Reorganisation des Zytoskeletts aus, die für die von der EMR3-Signalgebung abhängigen zellulären Prozesse entscheidend ist. PD 98059 und SB 203580 zielen auf die MAP-Kinase-Signalwege ab, wobei PD 98059 den MEK/ERK-Signalweg und SB 203580 den p38 MAP-Kinase-Signalweg hemmt, die beide wahrscheinlich an der funktionellen Aktivität von EMR3 beteiligt sind. Schließlich kann BAPTA-AM durch die Chelatisierung von intrazellulärem Kalzium in die kalziumabhängigen Signalprozesse eingreifen, die für die Funktion von EMR3 wesentlich sind.
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