DnaJC5γ阻害剤は主に、DnaJC5γが関与する主要なプロセスや経路を阻害することによって機能する。シクロスポリンAとFK506は、シナプシンを脱リン酸化するタンパク質であるカルシニューリンの阻害剤である。DnaJC5γはシナプシンによって媒介されるシナプス小胞のエキソサイトーシスに関与している。したがって、カルシニューリンの阻害は間接的にDnaJC5γの機能的活性を低下させる可能性がある。同様に、グアナベンズはストレス誘導性リン酸化酵素PP1/GADD34複合体を阻害し、シナプシンのリン酸化状態に影響を与え、間接的にDnaJC5γの機能的活性を低下させる。ジヒドロオロチン酸デヒドロゲナーゼの阻害剤であるレフルノミドは、シナプス小胞のエキソサイトーシスに必要なヌクレオチド合成を阻害することにより、間接的にDnaJC5γに影響を与える。
バフィロマイシンA1とコンカナマイシンAは、小胞の酸性化に重要な役割を果たす液胞型H+-ATPアーゼ(V-ATPアーゼ)を阻害することにより機能する。このプロセスの阻害は、間接的にDnaJC5γの機能的活性を低下させる。eIF2α脱リン酸化の阻害剤であるサルブリナルは、タンパク質合成に影響を与え、シナプス小胞のエキソサイトーシスに関与するDnaJC5γの機能的活性に間接的に影響を与える可能性がある。ツニカマイシンは、タンパク質の折り畳みと成熟を助けるDnaJC5γの機能活性に間接的に影響を与える翻訳後修飾であるN-結合型グリコシル化を阻害する。MG132やボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤は、間接的にDnaJC5γの機能性に影響を与える可能性があり、タンパク質分解経路に関与している可能性がある。最後に、解糖の阻害剤である2-デオキシグルコースや3-ブロモピルビン酸は、エネルギーを必要とするタンパク質の恒常性の一部であるDnaJC5γの機能活性に間接的に影響を与える可能性がある。
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