DNAポリメラーゼβ(DNA pol β)は、塩基除去修復(BER)経路における重要な酵素であり、細胞のDNA修復プロセスにおいて重要な役割を果たしている。DNAポリメラーゼβの阻害剤は、DNA合成や、成長中のDNA鎖にヌクレオチドを付加する酵素の能力を阻害する化学物質が主である。 DNA pol βの阻害剤は、その作用機序に基づいて分類することができる。まず、2',3'-ジデオキシシチジン、シタラビン、フルダラビン、ゲムシタビン、クロファラビンなどのヌクレオシド類似体がある。これらの化合物は天然のヌクレオチドを模倣しているが、重要なヒドロキシル基を欠くため、DNAに取り込まれるとDNA鎖の伸長を停止させる。これらの化合物は、修復合成中にDNA鎖に取り込まれることで阻害効果を発揮し、DNA pol βが介在するプロセスを停止させる。
もう一つのカテゴリーには、DNA合成と修復に関与する他の酵素を標的とすることで、間接的にDNA pol βに影響を与える化合物が含まれる。例えば、エトポシドやテニポシドのようなトポイソメラーゼ阻害剤はDNA鎖切断を引き起こし、複製を阻害し、間接的にDNA pol βの活性に影響を与える。同様に、ダウノルビシンやミトキサントロンのようなアントラサイクリン系薬剤や、アクチノマイシンDのようなインターカレーター系薬剤は、DNA合成と複製を阻害し、間接的にDNA pol βの機能を阻害する。ユニークな阻害剤であるフォスカルネットは、ピロリン酸を模倣して酵素のピロリン酸結合部位に結合することにより作用し、ピロリン酸の遊離を阻害してDNA鎖の伸長を停止させる。アフィジコリンも選択性は低いが、DNA合成中のヌクレオチドの取り込みを阻害することによりDNA pol βを阻害する。
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