Les inhibiteurs chimiques du CYP2J11 agissent par différents mécanismes pour entraver la fonction de l'enzyme. La terfénadine et le miconazole exercent leurs effets en ciblant respectivement les canaux potassiques et le fer héminique de l'enzyme. La terfénadine est connue pour bloquer les canaux potassiques hERG, qui sont modulés par les produits du CYP2J11, ce qui entraîne une réduction de l'activité de l'enzyme. Le miconazole, quant à lui, se lie directement au site actif du CYP2J11, le groupe hème, ce qui entrave le processus normal de métabolisation. Le kétoconazole utilise une approche similaire en se coordonnant au groupe hème du CYP2J11, perturbant ainsi l'activité de l'enzyme. Le montelukast agit indirectement; il réduit les niveaux de leucotriènes, diminuant ainsi la disponibilité du substrat pour le CYP2J11 et, par conséquent, l'activité de l'enzyme.
D'autres inhibiteurs, tels que le danazol, le clotrimazole et la ticlopidine, interfèrent avec le CYP2J11 de diverses manières. Le danazol entre en compétition avec les substrats naturels pour le site de liaison du CYP2J11, réduisant ainsi la capacité de l'enzyme à métaboliser ses substrats réels. Le clotrimazole entrave la fonction de l'enzyme en se liant à son fer héminique, qui est essentiel pour l'activité métabolique. La ticlopidine possède un mécanisme unique par lequel elle forme un métabolite réactif qui se lie de manière irréversible au CYP2J11, entraînant une inhibition durable. Le diéthyldithiocarbamate, le chloramphénicol, la sulfinpyrazone, la phénylbutazone et le propylthiouracile inhibent chacun le CYP2J11 par leurs interactions avec le site actif de l'enzyme ou le groupe hème. Le diéthyldithiocarbamate agit comme un agent chélateur, se liant au fer de l'hème et interférant avec les réactions catalysées par le fer de l'hème, essentielles à la fonction de l'enzyme. Le chloramphénicol se lie au site actif, entravant l'activité catalytique. La sulfinpyrazone et la phénylbutazone inhibent toutes deux l'enzyme par inhibition compétitive, en entrant directement en compétition avec les substrats de CYP2J11. Enfin, le propylthiouracile inhibe la capacité oxydante de l'enzyme, affectant le métabolisme des substrats par CYP2J11.
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