CCDC12阻害剤には、様々な細胞内シグナル伝達経路の調節を通じて間接的にCCDC12の機能的活性を減弱させる様々な化合物が含まれる。例えば、スタウロスポリンとキレリスリンは、それぞれCCDC12が依存するリン酸化過程に重要なプロテインキナーゼとPKCを阻害することにより、CCDC12の活性を低下させる。同様に、ゲニステインのようなチロシンキナーゼ阻害剤は、CCDC12が必要とするリン酸化を阻害することにより、CCDC12の活性化を阻害する可能性がある。さらに、PI3K阻害剤、すなわちLY 294002とワートマンニン、mTOR阻害剤ラパマイシンは、PI3K/ACT/mTORシグナル軸を障害し、その結果、CCDC12依存性プロセスのダウンレギュレーションにつながる。このような阻害は、PI3K/ACT/mTOR経路がCCDC12の機能的能力にとっていかに重要であるかを示しており、この経路が障害されるとCCDC12の活性が著しく低下する。
PD98059、SB 203580、SP600125、U0126などのMAPK経路阻害剤は、MEK、p38、JNKを阻害することによってCCDC12の活性を著しく低下させ、CCDC12がMAPKシグナル伝達ネットワークと相互に関連していることを示している。これらの化合物はそれぞれMAPK経路の構成要素を特異的に標的とし、細胞機能におけるCCDC12の役割に必要なシグナル伝達を阻害する。Gタンパク質シグナル伝達阻害剤NF449は、Gsαサブユニットを介するシグナル伝達を阻害することによってCCDC12の活性を妨げるので、CCDC12に影響を与える経路の広さをさらに例証している。同様に、Gö 6983のPKCアイソフォームに対する幅広い阻害作用は、CCDC12がPKCを介したリン酸化イベントに依存していることを明らかにし、CCDC12の制御の複雑さを強調している。総合すると、CCDC12阻害剤は特定の生化学的経路を標的として作用し、最終的に細胞内プロセスにおけるCCDC12の機能的関与を抑制することになる。
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