LY294002 y Wortmannin, al inhibir PI3K, pueden interrumpir la señalización AKT, una vía que puede cruzarse con la funcionalidad de CCDC104 en la regulación del crecimiento y la supervivencia celular. Del mismo modo, los inhibidores de MEK como PD98059 y U0126 pueden afectar a la vía ERK, un mediador crítico del ciclo y la división celular, en la que puede desempeñar un papel el CCDC104. La inhibición de la JNK activada por el estrés mediante SP600125 o de la MAP quinasa p38 mediante SB203580 también podría modular la función de CCDC104 si está implicada en las respuestas celulares al estrés. Se sabe que los inhibidores de la aurora quinasa, como ZM-447439, influyen en las proteínas relacionadas con el ciclo celular, lo que podría incluir a CCDC104 si participa en procesos mitóticos.
En el contexto del recambio proteico, Bortezomib puede afectar a la estabilidad de CCDC104 al inhibir el proteasoma, la principal maquinaria responsable de la degradación proteica. La tricostatina A altera los patrones de expresión génica mediante la inhibición de las histonas desacetilasas, afectando al CCDC104 si su expresión depende de la cromatina. La inhibición de la calcineurina por la ciclosporina A podría afectar a las proteínas implicadas en las vías de respuesta inmunitaria, lo que podría incidir en el papel de la CCDC104 en dichas vías. La amplia inhibición de las quinasas por la estaurosporina podría afectar al estado de fosforilación y, en consecuencia, a la actividad de la CCDC104.
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