Les inhibiteurs chimiques de CALCOCO1 agissent en perturbant les différentes étapes du processus autophagique, dans lequel CALCOCO1 est connu pour être impliqué. La bafilomycine A1 et la concanamycine A ciblent le complexe V-ATPase, essentiel à l'acidification des vésicules intracellulaires. En inhibant cette acidification, ces produits chimiques empêchent la maturation des autophagosomes et leur fusion ultérieure avec les lysosomes, un processus dans lequel CALCOCO1 est impliqué. De même, la chloroquine et son dérivé plus puissant, le Lys05, augmentent le pH dans les lysosomes, entravant le processus de dégradation dans les autolysosomes et inhibant ainsi la fonction de CALCOCO1 liée au renouvellement autophagique. La monensine perturbe également l'acidification des lysosomes, empêchant ainsi la fusion entre les autophagosomes et les lysosomes, étape critique au cours de laquelle CALCOCO1 exerce sa fonction.
D'autre part, des substances chimiques telles que la 3-méthyladénine, la wortmannine, le LY294002 et la spautine-1 inhibent différentes classes de phosphatidylinositol 3-kinases (PI3K) ou favorisent la dégradation de leurs complexes, essentiels à la nucléation et à la formation des autophagosomes. En empêchant les étapes initiales de la formation des autophagosomes, ces inhibiteurs bloquent la voie à un stade précoce, inhibant ainsi fonctionnellement CALCOCO1 en ne lui permettant pas de participer aux étapes ultérieures de l'autophagie. En outre, la vinblastine et le paclitaxel perturbent la dynamique des microtubules, qui est cruciale pour le trafic des autophagosomes et leur fusion éventuelle avec les lysosomes, une voie de trafic cellulaire essentielle à la fonction de CALCOCO1. SAR405 inhibe spécifiquement le complexe PI3K Vps34, qui joue un rôle central dans l'initiation de l'autophagie. L'inhibition de Vps34 a un impact direct sur la formation des autophagosomes, inhibant ainsi la fonction de CALCOCO1 dans la voie autophagique.
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