Wortmannin und LY294002 sind die Wächter an den Toren des Phosphoinositid-3-Kinase-Stoffwechselweges, die für ihre hemmende Wirkung bekannt sind, die zu Veränderungen in der AKT-Signalgebung und einer daraus folgenden Modulation der Proteinaktivitäten führen kann. Die epigenetischen Modifikatoren Trichostatin A und Natriumbutyrat entziehen den Histonen ihre Acetylgruppen, was sich auf das gesamte Genom auswirken kann und die Genexpression und die anschließende Proteinaktivität beeinflusst. Ähnlich verhält es sich mit 5-Azacytidin, das den Methylierungsstatus der DNA unterbricht und so den Weg für Veränderungen der Genexpression ebnet, die sich kaskadenartig auf die Proteinfunktion auswirken können.
KN-93 und SB203580 dienen als taktische Blöcke für die Calmodulin-abhängige Kinase II und die p38 MAPK, was zu Veränderungen in der Kalzium-Signalübertragung bzw. der Aktivität des MAPK-Signalwegs führen und die Dynamik der Proteinfunktion beeinflussen kann. Y-27632, ein ROCK-Inhibitor, stört das Aktin-Zytoskelett, was sich möglicherweise auf Proteininteraktionen und -aktivitäten auswirkt. PD168393, ein EGFR-Tyrosinkinase-Hemmer, und ZM-447439, ein Aurora-Kinase-Hemmer, bringen das Räderwerk der Zellzyklusprogression und -signalisierung durcheinander und beeinflussen so die Aktivität von Proteinen, die an diesen kritischen Prozessen beteiligt sind.
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