Inhibitoren wie Staurosporin und U0126 hemmen die Aktivität von Kinasen, die für die Phosphorylierung und Aktivierung vieler Proteine, die an Signalwegen beteiligt sind, entscheidend sind. Wirkstoffe wie LY294002 und Wortmannin zielen auf spezifische Kinasen innerhalb des PI3K/AKT/mTOR-Signalwegs ab, einem zentralen Kanal für Signale, die das Wachstum, die Vermehrung und das Überleben von Zellen regulieren. Diese Inhibitoren können die Aktivität von Proteinen modulieren, die durch Phosphorylierungs- und Dephosphorylierungsvorgänge reguliert werden.
Ebenso hemmen Rapamycin und seine Analoga den mTOR-Signalweg, der eng mit der Proteinsynthese und der Autophagie verflochten ist und sich auf eine Vielzahl von Zellfunktionen auswirkt. Brefeldin A und Cycloheximid hingegen stören grundlegende zelluläre Prozesse wie den Proteintransport bzw. die Proteinsynthese und beeinflussen so die Proteinfunktionen auf breiter Ebene. Verbindungen wie 2-Desoxy-D-Glucose stören Energieproduktionswege wie die Glykolyse, was sich auf Proteine auswirken könnte, die ATP für ihre Aktivität benötigen. MG132 hemmt das Ubiquitin-Proteasom-System, was zu einer Anhäufung von Proteinen führt, die normalerweise für den Abbau vorgesehen sind, was sich möglicherweise auf den Proteinumsatz und die Funktion auswirkt.
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