アデノシン3',5'-環状一リン酸は、どこにでもある二次メッセンジャーであり、プロテインキナーゼAを活性化し、多様なタンパク質の機能を変化させるリン酸化カスケードを引き起こす可能性がある。エピガロカテキンガレートは、単なる抗酸化物質ではなく、NF-κB経路に影響を与える能力を持ち、多くのタンパク質の活性に影響を与える可能性がある。酪酸ナトリウムとクルクミンは、エピジェネティックな機構と相互作用することによって、あるいはMAPKのような重要な細胞シグナル伝達経路を調節することによって、遺伝子発現を変化させる化合物である。このような遺伝子発現の変化やタンパク質の修飾は、タンパク質の活性に広範囲に影響を及ぼす可能性がある。レスベラトロールはSIRT1を活性化し、イオノマイシンは細胞内カルシウムレベルに影響を与えることによって、細胞機能を制御することができる多様な戦略の一例であり、直接的あるいは間接的にタンパク質の活性に影響を与える。
PMAのようなフォルボールエステルによるプロテインキナーゼCの活性化は、タンパク質調節へのもう一つの道を示している。一方、PI3KやMEKのような主要なシグナル伝達ノードを標的とするLY294002やPD98059のような阻害剤は、細胞経路の相互関連性と、それらがタンパク質機能に及ぼす集団的影響を強調している。これらの経路の複雑さは、JNKとp38 MAPK経路を調節するSP600125とSB203580のような化合物によってさらに強調され、シグナル伝達の特異性がどのようにタンパク質の活性の違いにつながるかについての洞察を与えている。最後に、ラパマイシンのmTOR阻害は、細胞増殖、タンパク質合成、活性調節の間の深い相互作用を示唆している。
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