C12orf4の化学的阻害剤には、様々なシグナル伝達経路に介入してタンパク質の機能を阻害する化合物がある。例えば、WortmanninとLY294002はホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)を阻害し、これらはAKTシグナル伝達経路にとって極めて重要である。PI3Kを阻害すると、AKTのリン酸化とそれに続く活性化が阻害され、AKTは多くの下流基質をリン酸化することが知られている。AKTによってリン酸化された基質にはC12orf4が含まれたり制御されたりするので、C12orf4の活性は低下する。同様に、ラパマイシンは、タンパク質の翻訳と細胞増殖に不可欠なmTOR経路を標的とする。mTORを阻害することにより、ラパマイシンはC12orf4を含むタンパク質の合成を抑制し、細胞内での機能的活性を阻害することができる。
PD98059とU0126は、MAPK/ERK経路におけるMEK1/2を阻害することで注目されている。この経路は、C12orf4を含む多くの細胞タンパク質の活性を制御するタンパク質のリン酸化に必須である。これらの制御タンパク質のリン酸化を阻害することにより、C12orf4の機能が低下する。SB203580とSP600125は、それぞれp38 MAPキナーゼとJNKに対して阻害作用を発揮する。これらのキナーゼが阻害されると、それぞれの基質のリン酸化が低下し、その結果C12orf4の活性が調節され、最終的にその機能が低下する。PP2とダサチニブは、様々なシグナル伝達経路の上流にあり、C12orf4の活性を制御するタンパク質をリン酸化するSrcファミリーキナーゼを阻害する。これらのキナーゼを阻害することにより、これらの調節タンパク質のリン酸化と活性化が減少し、C12orf4の活性が低下する。エルロチニブとラパチニブは、それぞれ上皮成長因子受容体(EGFR)とHER2を阻害する。両者とも、C12orf4が関与するシグナル伝達カスケードを開始しうる受容体である。これらの受容体を阻害することにより、C12orf4の活性を制御する下流経路の活性化を防ぐことができる。最後に、ソラフェニブはVEGFR、PDGFR、Rafを含む複数の受容体チロシンキナーゼを標的としており、これらはすべてC12orf4の活性を制御するシグナル伝達経路に関与している。これらのキナーゼを阻害することで、ソラフェニブはC12orf4が関与する経路の活性化を防ぎ、C12orf4の機能を効果的に阻害することができる。
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