Os inibidores de C11orf74, dado o papel conhecido da proteína na autofagia, giram em torno da modulação deste intrincado processo celular. Nomeadamente, um vasto conjunto destes inibidores actua sobre as vias da fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K). Moléculas como a 3-Metiladenina, a Wortmannina e o LY294002 impedem diretamente a PI3K ou as suas variantes, orientando a atividade funcional do C11orf74 na autofagia. Por outro lado, a Bafilomicina A1 e a Cloroquina visam a fusão dos autofagossomas com os lisossomas, uma fase posterior do processo autofágico, delineando assim indiretamente o contexto funcional global em que o C11orf74 opera.
Além disso, tendo em conta o papel regulador central do mTOR na autofagia, inibidores como o Torin1 e a Rapamicina, ou como o MHY1485, permitem uma modulação mais alargada do panorama da autofagia, que pode, por sua vez, influenciar a função do C11orf74. Ao ajustar o equilíbrio do fluxo autofágico através destas entidades químicas, pode conseguir-se uma modulação indireta da atividade do C11orf74, o que torna estes compostos ferramentas valiosas para a investigação da função da proteína e do seu envolvimento nos processos celulares.
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