BEND2の阻害剤は、無数の複雑な生化学的経路を経て、このタンパク質の機能的活性を低下させる。例えば、BEND2の活性は、多くの細胞プロセスにとって重要なシグナル伝達経路であるPI3K/Akt経路と密接に結びついている。この経路が阻害されると、BEND2の細胞活動における役割は結果的に低下する。同様に、BEND2はその様々な機能をmTORシグナルに依存しており、mTORのアロステリック阻害はBEND2活性の下流での低下につながる。JAK/STAT、Wnt/β-カテニン、MAPK/ERKなどの他の経路の調節も、BEND2が直接関与するシグナル伝達カスケードであるため、間接的にBEND2に影響を与える。JAK/STAT経路とWnt/β-カテニン経路の阻害は、BEND2の活性の顕著な低下をもたらし、このタンパク質が機能的発現のためにこれらの経路に依存していることを強調している。
さらに、BEND2の活性は複数のキナーゼを介する経路による制御を受ける。例えば、Cdk5のリン酸化はBEND2の活性にとって重要であり、その阻害はBEND2の機能低下をもたらす。NF-κB、ヘッジホッグシグナル伝達、GSK-3βの阻害も同様に、BEND2活性の低下をもたらす。これらの阻害剤は、正常なシグナル伝達機構を破壊することによって働き、それによって間接的にBEND2の活性を低下させる。さらに、ILK阻害による細胞接着経路の調節や、PDK1のようなキナーゼ活性の変化も、BEND2の間接的制御に重要な役割を果たしている。
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