Il cloruro di manganese(II) ne è un esempio lampante, in quanto funge da cofattore che si lega a B3GNTL1, rafforzandone la struttura e la funzione. La fornitura di substrati è altrettanto cruciale: molecole come l'UDP-glucosio sono fondamentali per il processo enzimatico di glicosilazione e forniscono il materiale su cui agisce B3GNTL1. L'aumento dei messaggeri secondari intracellulari da parte di composti come la forskolina e il dibutirril cAMP esemplifica un'altra modalità di attivazione. Queste molecole aumentano i livelli di cAMP, che a loro volta attivano le chinasi proteiche che possono portare alla fosforilazione e alla successiva attivazione di B3GNTL1, amplificando così la sua attività di glicosilazione. Gli esteri di forbolo come il PMA attivano la protein chinasi C, che contribuisce ulteriormente al potenziamento fosforilativo dell'attività dell'enzima.
Anche i composti indotti dallo stress, come la brefeldina A, e le variazioni della concentrazione di ioni indotte dalla ionomicina o dallo ionoforo del calcio A23187 svolgono il loro ruolo. Essi inducono aggiustamenti cellulari che possono incidentalmente elevare la funzione di B3GNTL1, sia attraverso vie di risposta allo stress sia attraverso meccanismi di segnalazione calcio-dipendenti. L'inibizione delle glicosidasi concorrenti da parte di molecole come la N-Butyldeoxynojirimycin-HCl, la castanospermina e la kifunensina determina l'accumulo di substrati di glicosilazione che, pur non essendo attivatori diretti, possono portare a un aumento dell'attività di B3GNTL1 a causa della maggiore disponibilità di substrati.
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