AUTS2の化学的阻害剤は、タンパク質の機能活性に重要なシグナル伝達経路に影響を与えながら、異なるメカニズムでその制御効果を発揮する。例えば、LY294002とWortmanninは共にPI3K阻害剤であり、AUTS2の安定性と機能に極めて重要なAKTのリン酸化を低下させる。この作用は細胞内でのAUTS2活性の低下につながる。同様に、MEK阻害剤であるPD98059とU0126はMAPK/ERK経路を破壊することができる。この経路はAUTS2が役割を果たすシナプス可塑性に関与しているので、その阻害はAUTS2のシナプス機能の低下につながる。p38 MAPK阻害剤であるSB203580とJNK阻害剤であるSP600125は、AUTS2の転写コアクチベーター機能を調節する特定の経路の活性化を阻止することができ、その結果、遺伝子発現に対するAUTS2の調節作用を低下させることができる。mTOR阻害剤であるラパマイシンは翻訳経路をダウンレギュレートし、AUTS2の相互作用タンパク質や調節タンパク質の発現を低下させ、AUTS2の活性を低下させる可能性がある。
さらに、プロテアソーム阻害剤であるラクタシスチンは、ミスフォールディングタンパク質の蓄積を引き起こし、プロテアソーム分解の亢進を通して間接的にAUTS2の機能レベルに影響を及ぼす可能性がある。Brefeldin Aはゴルジ装置の機能を阻害することにより、AUTS2の翻訳後プロセシングに影響を与え、機能阻害につながる。カルシニューリンを阻害することで知られるシクロスポリンAは、AUTS2と相互作用する核内因子の脱リン酸化も阻害し、AUTS2の転写コアクチベーター機能に影響を与える。KN-93はCaMKII阻害剤として、AUTS2も関与する神経細胞シグナル伝達経路を阻害する。これらの経路を阻害することにより、KN-93はAUTS2の機能的役割を阻害することができる。最後に、Gタンパク質のGαsサブユニットを選択的に阻害するNF449は、AUTS2を含む様々なタンパク質の活性と安定性を制御するシグナル伝達経路を阻害し、AUTS2の機能的活性を低下させる。
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