コエンザイムQ10やNAD+などの化合物は電子伝達鎖に不可欠であり、ATP合成に必要な電子の流れを確保し、ATPAF2が複雑に関与している。その他、レスベラトロールやAICARは、それぞれサーチュインやAMPKの活性化を通じて作用し、どちらもミトコンドリアの生合成を促進し、細胞の全体的なエネルギー能力を高めることが知られている。これはひいては、ATP合成酵素の集合体であるATPAF2の機能にとって、より好ましい環境を提供することになる。
さらに、α-リポ酸やスペルミジンのような化合物は、ミトコンドリアの健康を幅広くサポートし、前者は抗酸化能力を通じて、後者はオートファジーの促進を通じて、損傷したミトコンドリアのターンオーバーと新しいミトコンドリアの形成につながる。クレアチン一水和物とピルビン酸ナトリウムは、エネルギー緩衝液および基質として機能し、細胞のエネルギー需要をサポートし、ひいてはATPAF2などのミトコンドリアタンパク質の活性をサポートする。Pioglitazone、Dichloroacetic acid、Bezafibrate、1,1-Dimethylbiguanide, Hydrochlorideのような薬剤は、一般的に代謝調節と関連しているが、ミトコンドリアの動態にも影響を与えることがある。ミトコンドリアの生産と維持を司る細胞機構の様々な側面を活性化することにより、これらの化合物は、ATP合成酵素集合因子(ATPAF2を含む)の活性を促進する内部環境を作り出すことができる。
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