Les inhibiteurs de l'ATHL1 sont des produits chimiques qui exercent leurs effets par le biais de divers mécanismes au sein de la voie métabolique des purines, chacun conduisant à une inhibition indirecte de l'activité de l'ATHL1. L'allopurinol et le fébuxostat sont tous deux des inhibiteurs de la xanthine oxydase qui conduisent à l'accumulation de métabolites de la purine, ce qui peut déclencher une inhibition en retour de l'ATHL1 en augmentant les niveaux de substrats et d'intermédiaires sur lesquels l'ATHL1 agit. Le méthotrexate et la sulfasalazine inhibent tous deux la synthèse des nucléotides puriques et pyrimidiques; la diminution de la disponibilité de ces molécules qui en résulte peut conduire à l'inhibition indirecte de l'ATHL1 en raison d'un manque de substrats nécessaires à son action.
L'acide mycophénolique, la ribavirine, la tiazofurine et la MIZORIBINE agissent comme des inhibiteurs de l'inosine monophosphate déshydrogénase, ce qui entraîne une réduction de la production de nucléotides guanosine. La raréfaction du substrat qui en résulte pour les fonctions de l'ATHL1 liées aux purines peut indirectement diminuer son activité. Les analogues de la purine comme la 6-Mercaptopurine, la 6-Thioguanine et le Riboside de Mercaptopurine imitent les substrats naturels de l'ATHL1 et peuvent inhiber l'enzyme de manière compétitive, entraînant une diminution de sa fonction. L'azathioprine, un promédicament de la 6-Mercaptopurine, inhibe également la synthèse des purines lors de son métabolisme et réduit ainsi potentiellement l'activité de l'ATHL1.
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