L'ATHL1 può agire attraverso una serie di vie di segnalazione intracellulari per promuovere la sua fosforilazione e la successiva attivazione. La forskolina aumenta direttamente i livelli di cAMP all'interno delle cellule, che possono attivare la proteina chinasi A (PKA). La PKA è nota per fosforilare i residui di serina e treonina sulle sue proteine bersaglio e se ATHL1 contiene tali residui riconoscibili dalla PKA, la forskolina può portare alla sua attivazione. Analogamente, l'isoproterenolo funziona come agonista beta-adrenergico, aumentando i livelli di cAMP e attivando la PKA, che può quindi colpire ATHL1. L'IBMX agisce inibendo le fosfodiesterasi, impedendo così la degradazione del cAMP e sostenendo indirettamente l'attività della PKA, che ancora una volta potrebbe avere come bersaglio l'ATHL1 per l'attivazione. In un'altra via, il forbolo 12-miristato 13-acetato (PMA) attiva la protein chinasi C (PKC), che può fosforilare ATHL1 se possiede siti di fosforilazione specifici per la PKC. La bisindolilmaleimide I, pur essendo principalmente un inibitore della PKC, in determinate condizioni può anche attivare la PKC, che a sua volta può agire su ATHL1.
Il fattore di crescita epidermico (EGF) stimola il suo recettore, portando a una cascata di fosforilazione attraverso la via MAPK/ERK, che può includere ATHL1 come bersaglio a valle. La ionomicina aumenta le concentrazioni di calcio intracellulare e può attivare le protein chinasi calcio/calmodulina-dipendenti (CaMKs), che potrebbero fosforilare ATHL1 se è un substrato per queste chinasi. L'anisomicina, inibendo la sintesi proteica, attiva indirettamente le chinasi proteiche attivate dallo stress, come la JNK, che potrebbero bersagliare anche ATHL1. La calicolina A e l'acido okadaico inibiscono entrambe le fosfatasi proteiche PP1 e PP2A, determinando un aumento generale della fosforilazione proteica all'interno della cellula; se ATHL1 è normalmente de-fosforilato da queste fosfatasi, questi inibitori possono determinarne l'attivazione mantenendo il suo stato fosforilato. Infine, la spermina e il perossido di idrogeno possono influenzare ATHL1 attraverso la modulazione dell'attività del recettore NMDA e la segnalazione dello stress ossidativo, rispettivamente, che può portare all'attivazione di varie chinasi che possono avere come bersaglio ATHL1.
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