Atg4D-Inhibitoren bestehen aus einer vielfältigen Gruppe chemischer Verbindungen, die in den autophagischen Fluss eingreifen und dadurch indirekt die proteolytische Aktivität von Atg4D an LC3-verwandten Proteinen hemmen, die für den autophagischen Prozess wesentlich ist. Beispielsweise verhindern Inhibitoren der vakuolären H+-ATPase, wie Concanamycin A und Bafilomycin A1, die Ansäuerung der Lysosomen, ein notwendiger Schritt für die Fusion von Autophagosomen mit Lysosomen. Ohne eine ordnungsgemäße Ansäuerung ist der Abbau von autophagischen Substraten beeinträchtigt, was wiederum die Aktivität von Atg4D beeinträchtigen kann. Atg4D ist entscheidend für die Vorbereitung von LC3-verwandten Proteinen durch Delipidierung, ein Prozess, der das Recycling dieser Proteine und die Förderung weiterer autophager Ereignisse ermöglicht.
Andere Verbindungen, wie Chloroquin und 3-Methyladenin, hemmen die Autophagie durch unterschiedliche Mechanismen. Chloroquin erhöht den pH-Wert der intrazellulären Vesikel, wodurch die Reifung der Autophagosomen gestört wird, während 3-Methyladenin die Klasse III PI3K hemmt und so die Bildung von Autophagosomen in einem frühen Stadium verhindert.
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