Os inibidores químicos da Atase têm como alvo a via de síntese da purina para atingir a inibição funcional. O metotrexato, um inibidor da diidrofolato redutase, inibe indiretamente a Atase ao limitar a produção de nucleótidos de purina, que são substratos essenciais para a função enzimática da Atase. O ácido micofenólico e a ribavirina, ambos inibidores da inosina monofosfato desidrogenase, reduzem ainda mais a reserva de nucleótidos de guanosina, limitando assim a disponibilidade de substratos da Atase. Os análogos da purina, como a 6-Mercaptopurina e a 6-Thioguanina, competem com os substratos naturais pelo local ativo da Atase, impedindo assim a enzima de desempenhar o seu papel na biossíntese de nucleótidos. A azatioprina, metabolizada em 6-Mercaptopurina, emprega uma estratégia semelhante para impedir a Atase, competindo com substratos de purina.
Sabe-se que a clofarabina e a fludarabina, análogos dos nucleótidos, inibem as enzimas do metabolismo dos nucleótidos, o que resulta num conjunto reduzido de nucleótidos, limitando indiretamente a funcionalidade da Atase devido à falta de substratos. A cladribina, outro análogo da purina, interfere com o metabolismo dos ácidos nucleicos, o que leva a uma diminuição do pool de nucleótidos que, indiretamente, limita a ação do Atase. A tiazofurina reduz a síntese de purinas através da inibição da inosina monofosfato desidrogenase, o que, por sua vez, limita os substratos necessários à atividade da Atase. O aciclovir, reconhecido principalmente pelas suas propriedades antivirais, é um análogo da guanina que compete com os nucleótidos de guanina e a sua incorporação pode diminuir inadvertidamente o conjunto de substratos necessários à Atase. A didanosina, um análogo da adenosina, após fosforilação e incorporação no ADN, pode perturbar a síntese de ADN, conduzindo indiretamente a uma redução da procura dos nucleótidos sintetizados pela Atase, prejudicando assim a função da enzima na célula.
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