Os inibidores da ANKRD33B englobam uma gama de compostos químicos que participam indiretamente na atenuação da sua atividade através da modulação de várias vias e processos de sinalização celular em que a ANKRD33B está potencialmente envolvida. A inibição da atividade da cinase por alguns produtos químicos pode levar a estados de fosforilação alterados na célula, afectando assim a função do ANKRD33B se este for regulado por fosforilação. Do mesmo modo, a inibição da PI3K e da mTOR pode levar a uma redução da sinalização da AKT e dos sinais de crescimento celular, respetivamente, o que pode afetar a estabilidade ou a expressão do ANKRD33B. O intrincado equilíbrio da sinalização celular é ainda exemplificado pela utilização de compostos que perturbam a sinalização Hedgehog, bem como os que são específicos da via MEK/ERK, alterando a atividade do ANKRD33B se este estiver ligado a estas vias.
Além disso, os compostos que têm como alvo a JNK e a p38 MAPK fazem parte da resposta ao stress celular e da sinalização inflamatória, podendo modificar indiretamente a função do ANKRD33B se este estiver envolvido nestas respostas. As vias de sinalização Wnt e Notch, que são cruciais na determinação do destino das células, são também potenciais alvos de inibição, implicando o ANKRD33B se este tiver funções nestas vias. A nível estrutural, a inibição da ROCK afecta a dinâmica do citoesqueleto e a motilidade celular, o que poderia inibir a atividade da ANKRD33B.
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