ADAT3阻害剤には、酵素そのものを直接阻害するのではなく、tRNA基質の利用可能性や状態に影響を与えることでADAT3の機能的活性を間接的に低下させる様々な化合物が含まれる。これらの化合物は通常、ヌクレオチド代謝やRNAプロセシング経路を破壊し、tRNA基質のプールを減少させたり、ADAT3活性に不可欠なtRNA修飾パターンを変化させたりする。例えば、5-ヨードツベルシジンやヒドロキシ尿素のような阻害剤は、適切なtRNA合成と修飾に必要なヌクレオチドの利用可能性を低下させ、ADAT3の作用を間接的に阻害する。2'-デオキシアデノシンやピューロマイシンのような化合物は、tRNA成分と競合したり、tRNA成分を模倣したりする可能性があり、ADAT3が正常な基質にアクセスできなくなる可能性がある。
間接的な阻害メカニズムは、デシタビンやアザシチジンなど、DNAやRNAのメチルトランスフェラーゼ活性に影響を与える化合物にも及んでおり、RNA修飾のランドスケープに変化をもたらし、tRNA脱アミノ化におけるADAT3の機能に間接的に影響を与える可能性がある。クラドリビンやリバビリンのような他のヌクレオシドアナログは、tRNA基質レベルの維持、ひいてはADAT3が仲介する脱アミノ化反応にとって重要なヌクレオチドプールのバランスを崩す。メトトレキサートとクロファラビンは、ヌクレオチド合成阻害がADAT3のような酵素のtRNA基質の利用可能性に及ぼす広範な影響を示しており、代謝経路の相互関連性とADAT3活性が調節され得る間接的メカニズムを強調している。
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