Os activadores da ACOT6 utilizam diversos mecanismos bioquímicos para aumentar a atividade da enzima no metabolismo dos lípidos. Alguns activadores aumentam os níveis intracelulares de AMP cíclico (AMPc), que, por sua vez, ativa a proteína quinase A. Esta quinase fosforila factores de transcrição que aumentam a expressão da ACOT6 e a sua atividade enzimática. Além disso, a concentração intracelular dos substratos da ACOT6 é aumentada por outros activadores, o que estimula diretamente a ACOT6, fornecendo mais moléculas para hidrólise. Isto leva à ativação alostérica da ACOT6, aumentando a sua capacidade de catalisar a degradação dos tioésteres de acil-CoA gordos.
Além disso, os activadores que inibem as enzimas responsáveis pelo transporte de ácidos gordos para as mitocôndrias conduzem a uma acumulação de acil-CoAs, o que, por sua vez, aumenta indiretamente a atividade da ACOT6, uma vez que esta trabalha para hidrolisar estes substratos. Além disso, os compostos específicos conhecidos por elevarem os níveis de NAD+ podem ativar as sirtuínas, que podem desacetilar e ativar factores de transcrição que aumentam a atividade da ACOT6. Os agonistas dos receptores activados por proliferadores de peroxissoma contribuem ainda mais para a regulação positiva da transcrição da ACOT6, o que leva a um aumento da expressão da enzima e ao subsequente aumento da sua atividade metabólica.
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