Chemische Inhibitoren der Acyl-CoA-Thioesterase 10 können die Aktivität des Enzyms modulieren, indem sie die Verfügbarkeit seiner Substrate beeinflussen oder die Umgebung des Enzyms in einer Weise verändern, die seine Funktion beeinträchtigt. Triacsin C zielt beispielsweise auf den Biosyntheseweg von Acyl-CoA ab, indem es die langkettige Acyl-CoA-Synthetase hemmt. Diese Wirkung verringert den Pool an Acyl-CoA-Molekülen und damit die Verfügbarkeit von Substraten, die die Acyl-CoA-Thioesterase 10 benötigt, um effektiv zu funktionieren. In ähnlicher Weise behindern Perhexilin, Etomoxir und Oxfenicin die Carnitin-Palmitoyltransferase-1 (CPT-1), einen wichtigen Transporter für langkettige Fettsäuren in die Mitochondrien zur β-Oxidation. Diese Inhibitoren führen zu einer Anhäufung von langkettigen Acyl-CoAs, die die Acyl-CoA-Thioesterase 10 bis zum Punkt der Substrathemmung sättigen und ihre katalytische Aktivität behindern können.
Andere Verbindungen, wie z. B. Malonyl-CoA, interferieren mit CPT-1 und führen zu einer Störung des normalen Verhältnisses von Acyl-CoA zu CoA, was die Aktivität der Acyl-CoA-Thioesterase 10 aufgrund eines Ungleichgewichts der Substratkonzentration hemmen kann. Mildronat verringert die Synthese von Carnitin, wodurch der Transport von Fettsäuren in die Mitochondrien beeinträchtigt und die für die Acyl-CoA-Thioesterase 10 verfügbaren Substrate eingeschränkt werden, was zu einer indirekten Hemmung des Enzyms führt. AICAR kann durch Aktivierung der AMP-aktivierten Proteinkinase die Fettsäureoxidation steigern, wodurch die Substrate für die Acyl-CoA-Thioesterase 10 erschöpft und ihre Funktion beeinträchtigt wird. Rimonabant und Nikotinsäure beeinflussen Stoffwechselwege, die zu einer verringerten Synthese oder Verfügbarkeit von freien Fettsäuren und ihren entsprechenden Acyl-CoA-Derivaten führen, wodurch das Substrat für das Enzym eingeschränkt wird. Guggulsteron reguliert den Lipidstoffwechsel, indem es möglicherweise die Synthese von Acyl-CoA-Molekülen verringert und folglich die Acyl-CoA-Thioesterase 10 hemmt. Schließlich können auch Fenofibrat und Curcumin die Aktivität der Acyl-CoA-Thioesterase 10 modulieren, indem sie die β-Oxidation von Fettsäuren bzw. den Lipidstoffwechsel beeinflussen, was zu einem geringeren Pool an Acyl-CoA-Molekülen führen kann, auf die das Enzym einwirken kann.
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