Sp140核体タンパク質様1の化学的阻害剤は、様々なメカニズムを通じて、クロマチン構造と機能の調節を標的としている。トリコスタチンAとSAHA(ボリノスタット)は、ヒストンタンパク質からアセチル基を除去する酵素であるヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)を阻害することによって作用する阻害剤である。この阻害により、クロマチン構造がよりオープンになり、DNAアクセシビリティと遺伝子発現に影響を及ぼす。Sp140核小体タンパク質様1はクロマチン環境の中で働くことが知られているため、この構造を変化させることでその活性を阻害することができる。MS-275(エンチノスタット)も同様の機能を持つが、クラスI HDACに対する選択性があるため、クロマチン領域においてわずかに異なる変化をもたらし、その結果、Sp140核小体タンパク質様1の活性に影響を与える可能性がある。HDAC3を特異的に標的とするRGFP966と、クラスIおよびクラスIVのHDAC酵素を阻害するモセチノスタットは、アセチル化レベルの上昇に寄与し、遺伝子発現パターンを変化させることによって、Sp140核様体タンパク質1の機能的活性を阻害する可能性がある。
一方、サーチノールとスプリトミシンは、SIRT1やSIRT2などのサーチュイン脱アセチル化酵素を阻害する。これらの酵素は、HDACと同様にアセチル基を除去するが、NAD+依存性であることから、Sp140核小体タンパク様1の機能にも影響を与えることができる異なる制御メカニズムを示している。SIRT阻害剤であるニコチンアミドは、サーチュインが介在する脱アセチル化を阻害することにより、Sp140核小体タンパク様1の活性を阻害することができる。パノビノスタットは広範なHDAC阻害剤として作用し、ヒストンと非ヒストンタンパク質の両方のアセチル化を変化させ、クロマチンランドスケープを広範囲に修正することによって、Sp140核体タンパク質様1に影響を与えることができる。同様に、チダミドはHDACを選択的に阻害し、タンパク質とヒストンのアセチル化状態に影響を与え、それによってSp140核体タンパク質様1の活性に影響を与える。もう一つのHDAC阻害剤であるスクリプタイドは、これと同じパラダイムで作用し、ヒストンのアセチル化状態を標的として、Sp140核体タンパク質様1に影響を及ぼす。最後に、CUDC-101がHDAC、EGFR、HER2を含む複数の経路を阻害することで、シグナル伝達環境とクロマチン修飾が変化し、Sp140核体タンパク質様1の活性が阻害される可能性がある。
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