Os inibidores da Wdr95 incluem compostos que afectam indiretamente a função da Wdr95 através da modulação de vários mecanismos celulares e vias de sinalização. Sabe-se que a withaferina A, por exemplo, perturba as interacções proteína-proteína, o que pode afetar a montagem de complexos proteicos que envolvem a Wdr95. A geldanamicina, ao ligar-se à Hsp90, pode desestabilizar as proteínas clientes, incluindo as que possuem domínios WD40, alterando assim o estado funcional da Wdr95. Compostos como a curcumina têm amplos efeitos na sinalização celular, o que pode alterar a atividade ou a estabilidade da Wdr95 nessas vias.
Por outro lado, a ivermectina e a rifampicina, pelos seus respectivos mecanismos, podem perturbar as interacções proteína-ligando ou a síntese proteica, o que, por sua vez, pode ter implicações na funcionalidade da Wdr95. Os diversos efeitos da clorpromazina também podem levar a uma alteração da atividade da Wdr95. O U-0126 e o LY294002 têm como alvo cinases específicas em vias de sinalização críticas e, por esse meio, podem exercer influência sobre o papel da Wdr95 nessas vias. A tricostatina A e o MG-132 actuam através da modulação da expressão genética e da renovação proteica, respetivamente, podendo assim afetar os níveis de expressão ou a degradação da Wdr95. A rapamicina e o Wnt-C59 alteram as vias de crescimento e de sinalização, nas quais o Wdr95 pode participar, afectando assim potencialmente a sua atividade ou expressão.
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