KANSL3阻害剤として同定された化学物質は、主にクロマチン構造と遺伝子発現パターンの改変に関与している。これらの阻害剤はKANSL3を直接標的にはしないが、クロマチンリモデリングや転写調節のようなKANSL3が関与するプロセスや経路に影響を与えることができる。例えば、トリコスタチンA、SAHA、モセチノスタットのような阻害剤は、遺伝子発現を制御する重要なエピジェネティック修飾であるヒストンのアセチル化状態を調節することが知られている。アセチル化状態を変化させることにより、これらの化合物はKANSL3が属するNSL複合体の結合親和性や機能的動態に影響を与え、間接的に細胞内での作用に影響を与える可能性がある。
さらに、5-アザシチジンやシネフンギンなどの化合物は、それぞれDNAやヒストンのメチル化パターンに影響を与える。これらの修飾は遺伝子発現の調節において重要な役割を果たしており、これらのエピジェネティックマークを調節することによって、化学物質は細胞の全体的な遺伝的プログラミングに影響を及ぼすことができる。HAT阻害剤としてのアナカルジン酸とC646、そしてヒストン・メチルトランスフェラーゼ阻害剤としてのBIX-01294の作用は、KANSL3が作用するエピジェネティックな状況を変化させることにより、KANSL3の機能を潜在的に調節するという、これらの化合物の間接的なアプローチをさらに例証している。
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