Os inibidores químicos do ZNF829 abrangem uma gama de compostos que visam várias vias de sinalização e processos celulares para atenuar a função da proteína. A esturosporina é um potente inibidor da proteína cinase, que pode impedir a fosforilação de numerosas cinases que podem atuar sobre o ZNF829, diminuindo assim a capacidade do ZNF829 para se ligar eficazmente ao ADN. Do mesmo modo, o LY294002 e a Wortmannin são inibidores da PI3K, que diminuem a ativação da Akt, uma quinase que pode influenciar o estado de fosforilação do ZNF829 ou dos seus parceiros de interação, conduzindo a uma potencial redução da atividade de ligação do ZNF829 ao ADN. A rapamicina inibe diretamente a via mTOR, que é responsável pela fosforilação de substratos que interagem com o ZNF829 e o regulam, inibindo assim indiretamente a função do ZNF829.
O Y-27632 actua através da inibição da ROCK, o que pode levar a uma diminuição da fosforilação de alvos a jusante que podem afetar a conformação do ZNF829 e, consequentemente, a sua capacidade de interagir com outras proteínas ou com o ADN. O PD 98059 e o U0126 são ambos inibidores da MEK que impedem a ativação da via da ERK, reduzindo assim potencialmente os eventos de fosforilação que podem afetar as funções reguladoras do ZNF829. A alsterpaulona e a roscovitina inibem as cinases dependentes da ciclina (CDK), que são conhecidas por modular a progressão do ciclo celular; a inibição destas cinases pode alterar os padrões de fosforilação das proteínas associadas ao ZNF829, afectando a sua atividade. O SB203580 e o SP600125 inibem seletivamente a p38 MAPK e a JNK, respetivamente, o que pode levar a uma redução da fosforilação de proteínas envolvidas na regulação da atividade do ZNF829. Por último, o MG-132 inibe o sistema ubiquitina-proteassoma, o que leva à acumulação de proteínas conjugadas com ubiquitina, que podem incluir o ZNF829, prejudicando assim a sua função na célula.
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