Os inibidores químicos do ZNF549 incluem uma variedade de compostos que têm como alvo diferentes cinases e vias de sinalização para conseguir uma inibição funcional. A esturosporina, um conhecido inibidor da quinase, pode inibir o ZNF549 ao impedir os processos de fosforilação essenciais para a sua ativação, conduzindo assim a uma inibição funcional da proteína. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da PI3K, podem diminuir a fosforilação de proteínas a jusante da PI3K, incluindo o ZNF549, diminuindo assim a sua atividade. Do mesmo modo, o PD98059 e o U0126 têm como alvo as enzimas MEK na via MAPK/ERK, uma via que pode ser crucial para a fosforilação do ZNF549. Ao inibir a MEK, estes compostos impedem a ativação da ERK e, consequentemente, a fosforilação e a potencial ativação do ZNF549.
Além disso, a PP2 concentra-se nas tirosina-quinases da família Src, que, quando inibidas, podem levar à redução da fosforilação e da atividade do ZNF549 se este fizer parte da via de sinalização Src. O SB203580, que impede a p38 MAP quinase, e o SP600125, que tem como alvo a JNK, podem inibir o ZNF549 bloqueando as respectivas vias MAPK que podem estar envolvidas na sua fosforilação e subsequente atividade. A rapamicina inibe a mTOR e pode suprimir a sinalização a jusante que pode ser necessária para a função do ZNF549. O dasatinib, com o seu amplo espetro de inibição de cinase, pode interromper várias cinases que fosforilam o ZNF549 ou as suas proteínas reguladoras. O PD168393, um inibidor irreversível da tirosina quinase EGFR, pode inibir o ZNF549 impedindo a ativação de vias a jusante que poderiam estar envolvidas no estado funcional do ZNF549. Por último, a triciribina inibe especificamente a AKT, o que pode levar à inibição do ZNF549 ao impedir os eventos de fosforilação necessários mediados pela AKT que podem ser essenciais para a função do ZNF549.
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