Os inibidores da ZIP9 actuam através de vários mecanismos que visam a atividade de transporte de iões, as funções de sinalização celular ou as interacções proteicas que envolvem a ZIP9. O TPEN e o DTPA actuam como potentes quelantes de zinco, afectando diretamente a função central da ZIP9 de transporte de zinco. Da mesma forma, a nifedipina e o verapamil inibem os canais de cálcio do tipo L, modificando assim o equilíbrio zinco/cálcio que a ZIP9 tem por objetivo manter. Esta alteração pode resultar numa diminuição da função da ZIP9. A bafilomicina A1 tem como alvo a V-ATPase para modificar o pH endossómico, afectando a funcionalidade da ZIP9 no transporte de zinco dos compartimentos endossómicos. O FCCP, um protonóforo, danifica a membrana mitocondrial e foi observado que interfere indiretamente com a função da ZIP9.
Embora o foco no ZIP9 tenha sido, em grande parte, seu papel como transportador de zinco, sua participação em outras funções celulares não pode ser descartada. A rapamicina inibe a mTOR, uma via que regula a síntese proteica, e observou-se que regula indiretamente o ZIP9. O W-7 e o KN-93 actuam inibindo a interação do ZIP9 com a calmodulina e a CaMKII, respetivamente, afectando o seu papel na sinalização celular. O TAPI-1 tem como alvo a ADAM17, que regula a libertação de ZIP9, afectando assim os níveis de ZIP9. A estaurosporina tem como alvo a proteína quinase C (PKC), afectando o ZIP9 através da inibição de eventos de fosforilação dependentes da PKC que podem modular o ZIP9. Por último, a clorpromazina é um antagonista dos receptores da dopamina que demonstrou interferir com as capacidades de ligação aos androgénios do ZIP9. Estes inibidores oferecem informações sobre os papéis multidimensionais do ZIP9 e as diversas vias em que participa.
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